ศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในภูมิภาค เกิดขึ้นจากนโยบายการประสานความร่วมมือระหว่างคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) และสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติกับสถาบันการศึกษาในพื้นที่ มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ประชาชนในพื้นที่สามารถเข้าถึงการคุ้มครองและส่งเสริมสิทธิมนุษยชนได้โดยสะดวก เพื่อให้การรับเรื่องร้องเรียนเกี่ยวกับการละเมิดสิทธิมนุษยชนในพื้นที่เป็นไปอย่างรวดเร็ว และมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น และเพื่อให้การประสานงานระหว่างคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ กับภาคส่วนต่างๆในพื้นที่เป็นไปโดยรวดเร็วและทันต่อสถานการณ์ นอกจากนี้ ยังมุ่งหวังให้ศูนย์ฯในภูมิภาค มีบทบาทหน้าที่ร่วมสร้างความรู้ความเข้าใจสิทธิมนุษยชนในพื้นที่ประสานการคุ้มครองสิทธิมนุษยชนเบื้องต้นในพื้นที่ เป็นศูนย์รวบรวมข้อมูล วิเคราะห์ข้อมูล ด้านสิทธิมนุษยชนในพื้นที่ ศึกษาวิจัยเพื่อแก้ไขปัญหาสิทธิมนุษยชนในพื้นที่ ส่งเสริมกิจกรรมด้านสิทธิมนุษยชนในพื้นที่ และระดมพลังภาคีเครือข่ายสิทธิมนุษยชนในพื้นที่เพื่อปฏิบัติงานด้านสิทธิมนุษยชน
             สำนักงาน กสม.ให้ความสำคัญกับการดำเนินงานของศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในภูมิภาค โดยปรับโครงสร้างและแบ่งส่วนงานราชการภายในของสำนักงาน กสม. และจัดตั้งกลุ่มงานศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในภูมิภาคขึ้น ภายในสำนักส่งเสริมการเคารพสิทธิมนุษยชนรับผิดชอบศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในภูมิภาคเป็นการเฉพาะ โดยมีเจ้าหน้าที่ประจำศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในภูมิภาค เพื่อให้การดำเนินงานขับเคลื่อนงานภายใต้ศูนย์ฯในภูมิภาค เป็นไปด้วยความเรียบร้อย เกิดประสิทธิภาพ และสัมฤทธิผลตามวัตถุประสงคืที่ตั้งไว้
คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) ได้จัดตั้งศูนย์ศึกษาและประสานด้านสิทธิมนุษยชนจัดหวัดชายแดนภาคใต้ เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2557 ณ คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี จังหวัดปัตตานี เพื่อเป็นศูนย์กลางการประสานงานด้านสิทธิมนุษยชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ และเพื่อให้ประชาชนในพื้นที่ได้รับการคุ้มครองและส่งเสริมสิทธิมนุษยชน และสามารถเข้าถึงได้อย่างสะดวก รวดเร็วและทันต่อสถานการณ์ในพื้นที่ และได้แต่งตั้งคณะกรรมการอำนวยการศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชน จังหวัดชายแดนภาคใต้ขึ้น เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2562
            
            ช่องทางการเรียกร้อง
            1.ยื่นต่อสำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติด้วยตนเอง
            2.ยื่นต่อกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติคนใดคนหนึ่ง
            3.ส่งทางไปรษณีย์ลงทะเบียนตอบรับ : ศูนย์ราชการลิมพระเกียรติฯ อาคารรัฐประศาสนภักดี สำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ชั้น 6- 7 ถนนแจ้งวัฒนะ แขวงทุ่งสองห้อง เขตหลักสี่ กรุงเทพฯ 90210
            4.ส่งด้วยวิธีการหรือรูปแบบอื่น เช่น เว็บไซต์สำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ www.nhrc.or.th อีเมล help@nhrc.or.th โทรศัพท์สายด่วน 1377 หรือ 0-2141-3800 , 0-2141-3900 โทรสาร 0-2143-9578
            5.ส่งผ่านศูนย์ศึกษาและประสานงานด้านสิทธิมนุษยชน ภาคเหนือ คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ภาคตะวันออก คณะรัฐศาสตร์และนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ภาคใต้ คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฎสุราษฎ์ธานี ภาคใต้ ศูนย์ศึกษาและประสานงานสิทธิมนุษยชน จังหวดชายแดนภาคใต้ คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี ภาคตะวันตก คณะมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏเพชรบุรี